Vueling ve en las agencias de viaje excelentes colaboradores para poder llegar a diferentes tipos de pasajeros, especialmente el pasajero de negocios. Por ello, la aerolínea se ha adaptado a las prácticas de trabajo habituales de los agentes de viajes y está presente en los principales sistemas de reserva: Amadeus, Galileo y Worldspan.

Las agencias de viaje también tienen ventajas exclusivas con el portal de Vueling Agencias: la tarifa Flex, que incluye algunos cambios gratuitos, asientos en las mejores filas del avión y una maleta facturada sin coste adicional. Además permite gestionar las reservas, sacar confirmaciones, gestionar y solicitar facturas, realizar cambios e imprimir tarjetas de embarque para los clientes.